【2025】システム開発に使える補助金一覧┃条件や申請方法も

システム開発では、以下5つの補助金・助成金を活用できる場合があります。
※クリックすると詳しい解説へジャンプします

• ものづくり補助金
• 小規模事業者持続化補助金（一般型は2025年5月に業務終了）
• 中小企業新事業進出補助金（旧：事業再構築補助金の後継）
• IT導入補助金
• 業務改善助成金

これらの補助金はどんなプロジェクトにも適用されるわけではなく、対象となる要件を正しく理解することが大切です。今回はそれぞれの補助金の適用条件や補助率、補助上限額などについて、詳しく解説していきます。
※補助金の内容や適用条件は、2025年12月15日時点のものです
※最新情報は各補助金の解説で添付している公式サイトのリンク先をご確認ください

補助金を活用したシステム開発をご検討中の方へ

システム開発の補助金・助成金の申請手続きにはそれなりの時間と労力が必要です。また、内容を正しく理解していないと、開発しようとしているシステムが補助金の対象外となってしまう可能性も危惧されます。

もし補助金の申請に不安がある方は、開発だけでなく補助金申請の支援にも応じてくれるパートナー企業を選ぶのがおすすめです。弊社LIGでも開発に伴う補助金の申請相談を受け付けております。詳しくはお気軽にご連絡ください！

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Michitoshi Kudo

2025.10.01

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システム開発で使える5つの補助金

まずは表でそれぞれの補助金の補助率や補助上限を比較しました。気になる補助金名をクリックすると、詳しい説明までジャンプします。

補助金名	対象者	補助率	補助上限額	対象事業例
ものづくり補助金	中小企業者・小規模事業者	中小企業：1/2 小規模・再生事業者：2/3	※製品・サービス高付加価値化枠の場合 5人以下：750万円 6〜20人：1,000万円 21〜50人：1,500万円 51人以上：2,500万円	革新的な製品・サービス開発
小規模事業者持続化補助金	小規模事業者・NPO法人 ・商業・サービス業：5人以下 ・製造業他：20人以下	2/3	通常枠：50万円 ※一般型は2025年5月に業務終了	EC・ウェブサイト構築・改修 業務効率化に必要なシステム
中小企業新事業進出補助金	中小企業・個人事業主	1/2	750万円〜7,000万円 （条件により最大9,000万円）	新規事業関連システムの開発 （事業再構築補助金の後継）
IT導入補助金	中小企業・小規模事業者	1/2〜4/5	5万円〜450万円	業務効率化のためのITツール導入
業務改善助成金	事業場内最低賃金と地域別最低賃金の差額が50円以内の中小企業	3/4〜9/10	30万円〜600万円 （30人未満の事業場は上限額引き上げあり）	生産性向上を目的としたシステム開発

※表の内容は横スクロール可能です。スクロールして内容をチェックしてください。

ものづくり補助金

出典：ものづくり補助金総合サイト

💡 ポイント

• 新製品や新サービスの開発に必要なシステム開発・導入が対象
• 2025年12月現在、第22次公募の公募要領が公開中
• 申請枠は「製品・サービス高付加価値化枠」と「グローバル枠」の2種類

ものづくり補助金は、新しく設備投資をする場合や生産性向上を目指すための補助金で、中小企業や小規模事業者等（個人事業主も含む）が利用可能です。

主に新製品や新サービス開発にかかわるシステム導入を対象としており、適用には様々な条件があるため以下で詳しく解説します。

2025年度の変更点

2025年度のものづくり補助金では、特筆すべき変更ポイントが5つあります。

変更項目	内容
申請枠の種類	・「製品・サービス高付加価値化枠」 ・「グローバル枠」 ※「省力化オーダーメイド枠」「成長分野進出枠」は廃止
収益納付	不要（従来の国への返納制度を廃止）
基本要件の変更	3〜5年の事業計画で以下を満たすこと： ①付加価値額の年平均成長率：+3.0％以上 ②給与支給総額の年平均成長率：最低賃金上昇率以上 または +2.0％以上 ③最低賃金：地域の最低賃金+30円以上 ④一般事業主行動計画の公表（従業員21名以上のみ） ※②③未達の場合は補助金返還義務あり
補助上限額の変更（製品・サービス高付価値化枠）	21〜50人：1,500万円 51人以上：2,500万円

参考：ものづくり補助金公募要領 22次締切分

申請枠の種類

2025年度のものづくり補助金では、申請枠が「製品・サービス高付加価値化枠」と「グローバル枠」の2種類が用意されています。

• 製品・サービス高付加価値化枠：革新的な製品・サービスの開発に必要な設備、システム等の導入支援
• グローバル枠：海外事業を実施し、国内の生産性を高める取組みに必要な設備・システム投資等の支援

以前設けられていた「省力化オーダーメイド枠」「成長分野進出枠」は廃止となりました。

補助対象者

補助対象者として、日本国内に本社及び補助事業の実施場所を有する以下の要件を満たすものに限ります。

1. 中小企業者（会社または個人）
2. 中小企業者（組合または連合会）
3. 小規模企業者・小規模事業者
4. 特定事業者の一部
5. 特定非営利活動法人
6. 社会福祉法人

このなかから中小企業者（会社または個人）と小規模企業者・小規模事業者に絞って解説します。

中小企業者（会社または個人）
資本金又は従業員数（常勤）が下表の数字以下となる会社又は個人であること。

業種	資本金	常勤従業員数
製造業、建設業、運輸業、旅行業	3億円	300人
卸売業	1億円	100人
サービス業（ソフトウェア業、情報処理サービス業、旅館業を除く）	5,000万円	100人
小売業	5,000万円	50人
ゴム製品製造業（自動車又は航空機用タイヤ及びチューブ製造業並びに工業用ベルト製造業を除く）	3億円	900人
ソフトウェア業又は情報処理サービス業	3億円	300人
旅館業	5,000万円	200人
その他の業種（上記以外）	3億円	300人

※資本金は、資本の額又は出資の総額をいいます。

小規模企業者・小規模事業者

• 小規模企業者・小規模事業者は、常勤従業員数が、製造業その他・宿泊業・娯楽業では20人以下、卸売業・小売業・サービス業では5人以下の会社又は個人事業主をいいます。
• 小規模事業者の補助率は2/3ですが、補助金交付候補者としての採択後、交付決定までの間に小規模企業者・小規模事業者の定義からはずれた場合は、補助率1/3〜1/2に変更となります。

業種	従業員数
製造業その他	20人以下の会社及び個人事業主
商業・サービス業	5人以下の会社及び個人事業主
サービス業のうち宿泊業・娯楽業	20人以下の会社及び個人事業主

対象事業

対象となる事業は基本要件を満たしたものに限ります。以下の要件を全て満たす3〜5年の事業計画を策定する必要があります。

2025年度ものづくり補助金の基本要件

以下の要件を全て満たす3〜5年の事業計画書の策定及び実行

• ① 付加価値額の年平均成長率が+3.0％以上増加
• ② 1人あたり給与支給総額の年平均成長率が事業実施都道府県における最低賃金の直近5年間の年平均成長率以上、又は給与支給総額の年平均成長率が+2.0％以上増加
• ③ 事業所内最低賃金が事業実施都道府県における最低賃金+30円以上の水準
• ④ 次世代育成支援対策推進法に基づく一般事業主行動計画を公表等（従業員21名以上の場合のみ）

※最低賃金引上げ特例適用事業者の場合、基本要件は①、②、④のみとする。

②、③が未達の場合は補助金の返還義務があります。

補助率と補助上限

製品・サービス高付加価値化枠の補助率と補助上限額は下記のとおりです。

従業員数	補助上限額
5人以下	750万円（850万円）
6〜20人	1,000万円（1,250万円）
21〜50人	1,500万円（2,500万円）
51人以上	2,500万円（3,500万円）

※カッコ内は大幅な賃上げに係る補助上限額引上げの特例が適用された場合

企業規模	補助率
中小企業	1/2
小規模企業・事業者、再生事業者	2/3

なお、グローバル枠は補助上限額3,000万円（大幅な賃上げに係る補助上限額引上げの特例適用で4,000万円）、補助率は中小企業:1/2、小規模企業・小規模事業者：2/3となっています。

申請の手続きと最新スケジュール

2025年12月現在、22次締切分のスケジュールが以下の通り発表されています。

項目	内容
最新の公募	22次締切（公募要領：令和7年10月24日公開）
申請開始日	令和7年12月26日(金) 17時
申請締切日	令和8年1月30日(金) 17時
申請方法	電子申請（GビズIDプライムアカウントが必要）

申請の流れ
申請はGビズIDで行います。GビズIDプライム発行までの期間は、おおむね2週間となっているため、事前に準備しておきましょう。

その後、事業計画書の書面審査と口頭審査があり、補助金の交付が決定します。

申請時には、事業者情報や経費明細、事業計画書など10種類ほどの提出書類があり、提出方法はシステム入力と書類添付があります。

書面審査

申請した枠によって、書面審査の内容が異なりますが、審査する内容は下記の項目があります。

• 補助対象事業としての適格性
• 技術面
• 事業化面
• 政策面
• 加点項目
• 減点項目

口頭審査

申請された事業計画について、事業の適格性、革新性、優位性、実現可能性等の観点について審査します。

最新の公募要領や申請スケジュールは、ものづくり補助金総合サイトで確認してください。

小規模事業者持続化補助金

出典：小規模事業者持続化補助金（商工会議所地区）

💡 ポイント

• ECサイト構築で適用できる場合あり
• 小規模事業者と、特定の要件を満たす特定非営利活動法人が対象
• 一般型は2025年5月23日に業務終了

小規模事業者持続化補助金とは、小規模事業者と、特定の要件を満たす特定非営利活動法人を対象にした支援制度です。具体的には、小規模事業者が経営計画に基づいて実施する販路開拓などの努力や業務効率化を支援し、必要経費の一部を補助するものとなっています。

なお、小規模事業者の定義は下記の通りです。

業種	従業員数
商業・サービス業（宿泊業・娯楽業除く）	5人以下
サービス業のうち宿泊業・娯楽業	20人以下
製造業その他	20人以下

補助対象者

補助の対象者は日本国内に所在する小規模事業者で、以下の要件をすべて満たす必要があります。

1. 小規模事業者であること
2. 資本金又は出資金が5億円以上の法人に直接又は間接に100％の株式を保有されていないこと（法人のみ）
3. 確定している直近過去3年分の課税所得の年平均額が15億円を超えていないこと
4. 商工会議所または商工会の管轄地域内で事業を営んでいること

対象事業

システム開発関連で対象となる事業は以下の通りです。

• 販路開拓や売り上げアップを目的としたウェブサイト・ECサイトの構築、更新、改修、運用に関連する経費
• 販路開拓等の取り組みとあわせて行う業務効率化（生産性向上）

上記に当てはまればECサイトを構築する場合に補助金を活用できる可能性があり、「ウェブサイト関連費」として申請が可能です。

ただし、ウェブサイトに関連するコンサルティング、アドバイス費用は経費の対象とならないため、注意が必要です。

補助率と補助上限

参考までに、一般型で設けられていた申請枠の補助率と補助上限は以下の通りです。

申請枠	補助率	補助上限
通常枠	2/3	50万円
賃金引上げ枠	2/3（赤字事業者は3/4）	200万円
卒業枠	2/3	200万円
後継者支援枠	2/3	200万円
創業枠	2/3	200万円

今後の公募について

一般型の業務は終了しましたが、今後新たな公募が行われる可能性があります。最新情報は以下で確認してください。

• 商工会議所地区：小規模事業者持続化補助金（商工会議所地区）
• 商工会地区：小規模事業者持続化補助金（商工会地区）

中小企業新事業進出補助金（旧：事業再構築補助金の後継）

出典：中小企業新事業進出補助金｜中小企業基盤整備機構

💡 ポイント

• 事業再構築補助金（2024年第12回公募で終了）の後継制度
• 既存事業と異なる新事業への挑戦、新市場・高付加価値事業への進出を支援
• 2025年12月現在、第2回公募の応募受付中（締切：12月19日18:00）

新事業進出補助金は、既存事業と異なる事業への前向きな挑戦であって、新市場・高付加価値事業への進出を後押しする補助金です。中小企業等が企業規模の拡大・付加価値向上を通じた生産性向上を図り、賃上げにつなげていくことを目的としています。

新規事業のためにシステム開発を行いたい方や、新規事業にかかるその他の経費も補助金の対象にしたい方におすすめです。

補助対象者

• 中小企業
• 中堅企業
• 個人事業主

資本金又は従業員数（常勤）が下表の数字以下となる会社又は個人であることが必須です。

業種	資本金	従業員数
製造業、建設業、運輸業	3億円	300人
卸売業	1億円	100人
サービス業（ソフトウェア業、情報処理サービス業、旅館業を除く）	5,000万円	100人
小売業	5,000万円	50人
ゴム製品製造業（自動車又は航空機用タイヤ及びチューブ製造業並びに工業用ベルト製造業を除く）	3億円	900人
ソフトウェア業又は情報処理サービス業	3億円	300人
旅館業	5,000万円	200人
その他の業種（上記以外）	3億円	300人

※表の内容は横スクロール可能です。スクロールして内容をチェックしてください。

対象事業（新事業進出要件）

新事業進出補助金の対象となるのは、中小企業等にとって過去に実績のない製品等を、新たな顧客層に向けて製造等する事業です。以下の2つの要件のいずれかを満たす必要があります。

①新市場性

既存事業とは異なる新たな市場への参入。補助事業における製品等や顧客が既存の事業とは異なることを示す必要があります。

②高付加価値性

新たな製品・サービスの開発・提供により、付加価値の向上を図る事業。

システム開発においては、新規事業の基盤となるシステム構築や管理システムの開発などが対象となります。

補助率と補助額

項目	内容
補助率	1/2（賃上げ特例適用で2/3）
補助下限額	750万円
補助上限額	7,000万円（大規模な賃上げ計画で最大9,000万円）

審査項目

新事業進出補助金の審査では、以下の観点から評価されます。

審査項目	主な審査観点
既存事業の状況	現在の事業内容、強み・弱み、SWOT分析など
新規事業の新市場性・高付加価値性	新市場性または高付加価値性の具体性と実現可能性
新規事業の有望度	新規事業の将来性、競合分析
事業の実現可能性	補助事業の事業化見込み、補助対象要件への該当性
経費の妥当性	経費の分類・名称・取得予定価格、必要不可欠である理由
収益計画	事業の収益性、持続可能性

優れた事業計画であっても、その妥当性を裏付ける客観的なデータ・エビデンスが不足している場合、評価が低くなる場合があります。

申請の手続きと最新スケジュール

申請は本補助金専用の電子申請システムで行います。GビズIDプライムアカウントの取得が必要です。

第2回公募スケジュール	日程
公募開始	令和7年9月12日（金）
申請受付	令和7年11月10日（月）
応募締切	令和7年12月19日（金）18:00まで

※第3回公募は12月中に公募開始予定

最新の公募要領や申請スケジュールは、新事業進出補助金 公式サイトで確認してください。

IT導入補助金

💡 ポイント

• 制度内で認められたITツールの導入時に活用できる補助金
• インボイス枠は小規模事業者の補助率が最大4/5
• IT導入支援事業者との連携が必要

IT導入補助金は、ITツールなどの導入を検討している中小企業や小規模事業者におすすめです。インボイス対応のソフト導入費用も対象になります。活用においては、IT導入補助金で認められたITツールを、特定の支援事業者の支援のもと導入することが必要です。

2025年度の変更点

2025年度のIT導入補助金は、大きく分けて3つの変更点があります。

変更項目	内容
補助率引き上げ	最低賃金近傍の従業員を多く雇用する事業者に対し、補助率を1/2から2/3に引き上げ
導入関連費用の補助対象拡大	ITツールの保守サポートやマニュアル作成、導入後の活用支援に関する費用が補助対象に認定
セキュリティ対策推進枠の拡充	補助上限額が100万円から150万円に増額。小規模事業者に対する補助率が1/2から2/3に引き上げ。

申請枠の種類

申請枠	内容
通常枠	自社の課題にあったITツールを導入し、労働生産性の向上をサポート
インボイス枠（インボイス対応類型）	インボイス制度に対応した「会計」・「受発注」・「決済」の機能があるソフトウェア、PC・ハードウェア等を導入し、インボイス制度への対応をサポート
インボイス枠（電子取引類型）	インボイス制度に対応した「受発注」の機能があるソフトウェアを導入し、労働生産性の向上及びインボイス制度への対応をサポート
セキュリティ対策推進枠	サイバー攻撃の増加に伴う潜在的なリスクに対処するため、サイバーインシデントに関する様々なリスク低減策をサポート
複数社連携IT導入枠	業務上つながりのある「サプライチェーン」や、特定の商圏で事業を営む「商業集積地」に属する複数の中小企業・小規模事業者等が連携してITツールを導入し、生産性向上を図る取り組みをサポート

補助対象者

資本金・従業員規模の一方が、下記以下の場合対象（個人事業を含む）

業種分類・組織形態	資本金	従業員
製造業（ゴム製品製造業を除く）、建設業、運輸業	3億円	300人
卸売業	1億円	100人
サービス業（ソフトウェア業、情報処理サービス業、旅館業を除く）	5,000万円	100人
小売業	5,000万円	50人
ゴム製品製造業（自動車又は航空機用タイヤ及びチューブ製造業並びに工業用ベルト製造業を除く）	3億円	900人
ソフトウェア業又は情報処理サービス業	3億円	300人
旅館業	5,000万円	200人
その他の業種（上記以外）	3億円	300人

※表の内容は横スクロール可能です。スクロールして内容をチェックしてください。

補助率と補助額

IT導入補助金の補助率と補助上限額は、申請枠によって異なります。

申請枠	補助率	補助下限額	補助上限額	対象
通常枠（1プロセス以上）	1/2以内（条件により2/3）	5万円	150万円未満	業務効率化・売上向上のためのITツール
通常枠（4プロセス以上）	1/2以内（条件により2/3）	150万円	450万円	業務効率化・売上向上のためのITツール
インボイス枠（インボイス対応類型）	中小企業：3/4以内 小規模事業者：4/5以内	下限なし	350万円	インボイス制度対応のITツール
インボイス枠（電子取引類型）	中小企業：2/3以内 大企業：1/2以内	下限なし	350万円	受発注ソフト
セキュリティ対策推進枠	1/2以内（小規模事業者：2/3）	5万円	150万円	サイバーセキュリティ対策
複数社連携IT導入枠	1/2〜2/3	−	3,000万円	複数の中小企業が連携したIT導入

※表の内容は横スクロール可能です。スクロールして内容をチェックしてください。

インボイス枠は小規模事業者の場合、補助率が最大4/5となり、より手厚い支援を受けられます。

申請の手続きと最新スケジュール

IT導入補助金は複数回の公募が行われます。最新のスケジュールは公式サイトで確認してください。

申請の流れ

1. GビズIDプライムアカウントを取得
2. IT導入支援事業者を選定
3. IT導入支援事業者との間で商談を進め、交付申請の事業計画を策定
4. 交付申請を行う

補助金申請者（中小企業・小規模事業者等）は、IT導入補助金事務局に登録された「IT導入支援事業者」とパートナーシップを組んで申請する必要があります（※複数社連携IT導入枠を除きます）。

最新の公募情報は、IT導入補助金 公式サイトで確認してください。

業務改善助成金

💡 ポイント

• 生産性向上のための設備投資、コンサル活用などが対象
• 条件として、事業場内最低賃金を一定額以上引き上げが必要
• 令和7年9月5日に「拡充」が実施済み

業務改善助成金は、職場の生産性を高めるための設備投資（機械の導入、コンサルティングの活用、人材育成や研修など）を行い、さらに職場の最低賃金を一定額以上引き上げた場合に、その投資費用の一部を支援する制度です。

社員の給料アップを行い、処遇改善に取り組みたい方や、地域の最低賃金に近い金額で雇用している社員がいる方、採択率が高く手堅く受給できる制度を活用したい方におすすめです。

2025年度の変更点（令和7年9月5日拡充）

💰 助成上限額の拡大

特例事業者（事業場内最低賃金が1,000円未満、または物価高騰等要件に該当する事業者）で、10人以上の労働者の賃金を引き上げる場合、助成上限額の区分「10人以上」を選択できるようになりました。

📦 助成対象経費の拡大

物価高騰等要件に該当する特例事業者は、通常は対象外となる以下の経費も助成対象となります。

• 定員7人以上または車両本体価格200万円以下の乗用自動車
• 貨物自動車
• パソコン、スマートフォン、タブレット等の端末と周辺機器の新規導入

⚠️ 注意：令和7年度は例年と比較し多くの申請を受け付けている関係で、通常よりも審査に時間がかかっています。申請に際しては余裕を持った事業計画を策定してください。

補助対象者

補助対象者は、下記の3つの条件を全て満たしている必要があります。

• 中小企業・小規模事業者であること
• 事業場内最低賃金と地域別最低賃金の差額が50円以内であること
• 解雇、賃金引き下げなどの不交付事由がないこと

補助率と補助上限

助成率は、申請を行う事業場の引き上げ前の事業場内最低賃金によって異なります。

事業場内最低賃金	助成率
950円未満	9/10
950円以上1,000円未満	4/5
1,000円以上	3/4

助成上限額は、引き上げる最低賃金額と引き上げる労働者の人数によって変わります。

引き上げる労働者数	事業場規模30人以上の事業者	事業場規模30人未満の事業者
1人	30万円（30円コースの場合）	60万円（30円コースの場合）
2〜3人	50万円（30円コースの場合）	90万円（30円コースの場合）
4〜6人	70万円（30円コースの場合）	100万円（30円コースの場合）
7人	100万円（30円コースの場合）	120万円（30円コースの場合）
10人以上（特例事業者のみ）	120万円（30円コースの場合）	130万円（30円コースの場合）

※表の内容は横スクロール可能です。スクロールして内容をチェックしてください。

詳細は厚生労働省の公式ページをご確認ください。

申請手続きと最新スケジュール

業務改善助成金は、都道府県労働局雇用環境・均等部（室）を通じて申請を行います。

• 申請は随時受け付けています
• 事業完了期限は、交付決定の属する年度の1月31日（やむを得ない理由がある場合は3月31日まで延長可能）

申請の流れ
交付申請書・事業実施計画書などを都道府県労働局に提出し、審査の上、通知されます。

システム開発で補助金や助成金を申請する際の注意点

申請と審査に手間がかかる

補助金と助成金の申請時には、制度ごとに定められた書類を提出する必要があります。書類の中には、決算書、法人事業概況説明書など以外に、事業計画書やシステム開発会社からの見積書など新規作成が必要なものがあります。

また、それらの書式は細かく定められていることが多く、準備を始める前に事前に公募要領などを読み込んで理解しておくことが重要です。

補助事業実施期間外に発生した経費は対象外となる

補助事業実施期間外に発生した経費は、補助金の交付が決定した事業に関する費用であっても支給対象外になります。補助事業実施期間を確認し、期間外に追加費用が発生しないように計画を立てましょう。

後払いである

補助金・助成金は、開発が完了した後に支払われます。そのため、開発にかかる費用はまず自社で負担する必要があります。

また、補助金の額が確定するまでに時間がかかる可能性があり、確定検査が終了するまでは必ずもらえるわけではないので、これらも考慮して資金計画を立てておく必要があります。

まとめ

システム開発で使える補助金5つをご紹介しました。

今回紹介したほとんどの補助金・助成金では、GビズIDの取得が必要になります。GビズIDプライム発行までの期間は、おおむね2週間となっているため、早めの申請手続きをオススメします。

また、補助金の公募は随時更新されているため、すぐに準備できるように公式サイトを定期的にチェックしましょう。

補助金申請のポイント

• GビズIDプライムアカウントを早めに取得する
• 補助事業実施期間を確認し、計画的に進める
• 交付決定前の契約・支出は補助対象外となるため注意
• 補助金は後払いのため、資金計画を立てておく

補助金を活用したシステム開発をご検討中の方へ

システム開発の補助金・助成金の申請手続きにはそれなりの時間と労力が必要です。また、内容を正しく理解していないと、開発しようとしているシステムが補助金の対象外となってしまう可能性も危惧されます。

もし補助金の申請に不安がある方は、開発だけでなく補助金申請の支援にも応じてくれるパートナー企業を選ぶのがおすすめです。弊社LIGでも開発に伴う補助金の申請相談を受け付けております。詳しくはお気軽にご連絡ください！

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